Biyoinformatikte Veri Tabanları

Biyoinformatikte Veri Tabanları

Biyoinformatikte Veri Tabanları

Biyoinformatikte Veri Tabanları

Veri tabanı; sistematik olarak verilerin toplandığı, depolanıp üzerinde değişikliklerin yapılmasına imkan sağlayan bilgisayar sistemleridir. Biyoinformatik alanında ise biyolojik bilgilerin oluşturulup düzenli bir biçimde depolanması gerekmektedir. Bu sebeple pek çok veri tabanına ihtiyaç duyulmaktadır.

En yaygın kullanılanları; National Center for Biotechnology Information (NCBI), DNA Data Bank of Japan (DDBJ) ve European Bioinformation Institue (EBI) ‘dır. Bu veri tabanlarını kullanım amaçlarına göre birincil veri tabanları ve ikincil veri tabanları olarak sınıflandırılmaktadır.

BİRİNCİL VERİ TABANLARI

Birincil veri tabanları;

  • Nükleik asit dizilimli veri tabanları ve
  • Protein veri tabanları olarak ikiye ayrılmaktadır.

Nükleik Asit Dizilimli Veri Tabanları

ENSEMBL

EBI tarafından kurulmuş olan ve birçok türün genom bilgisini içeren, internet üzerinden rahatlıkla erişilebilen bir biyolojik veri tabanıdır. Genlere dair detaylı açıklamaları içeren bu veri tabanında ayrıca tüm genom dizilimlerinin FASTA* formatındadır.

Canlıların genom bilgilerine, bir hastalık ya da belirli bir türe ait gen adı veya lokasyonu ile ilgili aramaların yapılmasına imkan sağlamaktadır. Ayrıca özelleşmiş aramalar için BLAST ve BioMart gibi analiz araçları da mevcuttur.

GenBank

Resmi olarak 250.000’den fazla türe ait nükleotid dizilerinin kapsamlı bilgilerini içeren, bibliyografik ve biyolojik açıklamalarla destekleyen, halka açık bir veri tabanıdır. GenBank, NCBI tarafından oluşturulmuştur ve yazarlardan gelen dizi verilerinin ve ifade edilmiş etiketinin (EST), tüm genomun rastgele dizilerinin (WGS), genom araştırma dizisinin (GSS) ve dizileme merkezlerinden gelen diğer verimli dataların toplu olarak sunulmasına olanak sağlamaktadır.

ENSEMBL’dan farkı ise bir gene dair genel bilgilere ek olarak gen ile ilgili yayınlanmış bilgileri de içermektedir.

ENA

EBI tarafından kurulmuş ve nükleotid dizilimlerine dair bilgileri içeren bir veri tabanıdır. Burada pek çok canlıya ait nükleotid dizilimi FASTA formatında bulunmaktadır.

Kaynakça:

YORUM YAP

Yorumunuzu giriniz!
Lütfen adınızı buraya girin