Protein Veri Tabanları

Protein Veri Tabanları

Protein Veri Tabanları

Protein Veri Tabanları

UniProt

Proteinlerin fonksiyonları ve dizilimleri için kullanılan bir veri tabanıdır. EMBL-EBI, PIR (Protein Information Resource) ve SIB (Swiss Institue of Bioinformation) işbilrliği ile oluşturulmuş ve üç alt kısımdan oluşmaktadır. Bunlar; UniProt Reference kümeleri (UniRef), UiProt bilgi tabanı (UniProtKB) ve Uniprot arşivi (UniParc)’dir.

Bu veri tabanında bir proteine ait çok detaylı bilgiler ve her proteine ait spesifik bir de kimlik numarası bulunmaktadır.

PDB (Protein Data Bank)

Proteinlerin üç boyutlu yapısını ve her bir proteine ait detaylı bilgileri içeren bir veri tabanıdır. Avrupa tabanlı PDBe (Protein DataBank in Europe) ve Amerika tabanlı PDB birlikte çalışmaktadır ve uniProt’tan elde edilen protein kimlik numaraları kullanılarak protein aştırmalarına olanak sağlamaktadır.

InterPro

EBI tarafından geliştirilmiştir. Protein ailelerini ilişkilendirmek ve proteinleri anlayabilmek için kullanılan, protein sınıflandırmaları ve dizi analizlerini içeren bir veri tabanıdır.

Proteinleri sınıflandırırken “signature” isimli tahmin edilebilir modeller kullanılmaktadır.

Kaynakça:

YORUM YAP

Yorumunuzu giriniz!
Lütfen adınızı buraya girin